De basis van de orthomoleculaire geneeskunde is dat uitsluitend, het natuurlijke genezende vermogen van het eigen lichaam, van het eigen organisme, wordt aangesproken om genezing te bewerkstelligen.
In de orthomoleculaire geneeskunde gaat het om het functioneren van het organisme in zijn totaliteit. De orthomoleculair behandelaar richt zich ook in eerste instantie op de mens als geheel. Voeding dient aan het lichaam de juiste moleculen in een optimale hoeveelheid in de juiste verhoudingen te leveren om een goede gezondheid in stand te houden en ziekte tegen te gaan. In de orthomoleculaire geneeskunde streeft men er dus naar met stoffen te werken die het lichaam zonder schade kan gebruiken en verwerken.
Levenskracht
In elk organisme is van nature een zelfhelend vermogen aanwezig. Met dit vitalistisch uitgangspunt onderscheidt de orthomoleculaire geneeskunde zich van de reguliere geneeskunde, die zich op een mechanistisch uitgangspunt baseert.
Mensbeeld
De orthomoleculaire geneeskunde ziet het menselijk organisme als een eenheid van lichamelijk, mentaal en emotioneel functioneren. Deze eenheid wordt in stand gehouden door organen en orgaansystemen die voortdurend een wisselwerking met elkaar hebben.
Behandelingsniveaus
De orthomoleculaire diagnose en analyse vinden altijd plaats op het niveau van het gehele organisme; in de behandeling kan orgaan- en weefselgericht gewerkt worden, met inachtneming van de orthomoleculaire uitgangspunten. Er wordt rekening gehouden met de mentale en emotionele aspecten en de sociale omgeving en de leefgewoontes van de patiënt.